在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
4000年前，出逃王宫的商朝王孙有莘不破救下太一宗弟子江离，两人结伴游荡荒原，入商队、遭异兽、遇天劫，属于少年的冒险正在展开。在他们的身后，王朝交替、山雨欲来，夏商之间爆发了一场有史以来最伟大的战争。命运的齿轮开始转动，那些天赋异禀的少年，早已身在局中。
他是我们最愤怒时刻的内心写照，也是我们最正义时刻的内心写照，他不隐忍，敢于直面不公，绝不拖泥带水。他，就是黑豆。 黑豆，一个从头黑到脚，从外黑到内，两把黑色手枪，一副炫酷的黑色墨镜，和永远不离嘴的雪茄，是他的独特标志。沉默不语，独自穿梭喧嚣城市。在这个受到法制、道德约束的城市，又常常被众多人无视规则、破坏秩序、惺惺作态的城市，他路见不平，双枪在手，绝不克制内心的愤怒，绝对不容忍任何不公，及对秩序的破坏。在别人还在犹豫不决，甚至装作没看见，冷漠处理时，黑豆会以自己独到的方式，不仅让这些“罪恶”得到应有的惩罚，也让旁观者羞愧，抑或胆寒。 每一个人心里都有一颗黑豆，如影随形，从不伪装自己，穿梭城市间，谱写一个个黑色幽默的故事……
东方桃子是一名平凡而普通的小女生。一天放学后，她无意中获得一本神奇的花语星卡笔记，通过这本笔记,桃子发现了世间存在一种诞生于自然界的精灵。这些精灵呈兽形或者人形，拥有强大的自然力量，不加以控制会给我们的生活制造出很多麻烦。但是有一种人，能够与精灵沟通，并使用星卡收服精灵，控制和使用它们的力量，我们称之为星卡师。为了解决黑化精灵们造成的麻烦，东方桃子通过努力学会净化精灵的力量，成为了星卡师的一员。并得知自己身负花语公主血脉力量，拥有净化黑化精灵，拯救精灵的重要使命！在收服和了解精灵的过程中，她还收获了两个伙伴——欧阳雪和严诺一，她们一起面对危险与磨难，学会了勇敢、坚守、宽容和爱，成长为自信而美丽的星卡师，守护着大家。
女汉子画玖是一名除灵师，在某次除灵过程中结识了“恶灵”七爷并将其收服为灵侍，主仆一人一灵就此展开了一段搞笑逗逼的除魔之旅，虽然一路上遇到了各种棘手的妖怪，但是喜欢相互吐槽的双方还是成为了彼此最可靠的同伴。
