在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
叶凡与王腾双天骄宿命对决，北原王家来势汹汹，姬家老祖心怀鬼胎，姬紫月沦为家族联姻工具，叶凡身陷众矢之的。荒古圣体碰撞乱古传承，谁才具真正大帝之姿？
何方知与阿牙循着线索一路探寻，终于找到了借刀杀人除掉林大人的幕后之人。此后，上凤鸣山，受凤阁主所托，前去西北救一人……在这一路上，何方知又遇到了形形色色的人，他们或居庙堂之上，或处江湖之中，每个人都有自己的选择，都在用自己的方式，坚持自己相信的东西……
还记得那个草裙娃娃吗？它惹了大祸，把哀木涕扔到了时光之穴，还夺走了他的记忆！时光守护者赛菲尔发现这件事与一场将要降临艾泽拉斯的大灾难有关，于是把哀木涕救了回来，并且让他承担拯救世界的责任。恢复记忆的哀木涕对自己的斑斑劣迹也后悔不已，决定洗心革面，做一个真正的战士。浪子回头金不换，努力的他终于唤回了一度离去的伙伴。但是，作为敌人的联盟会如何看待他的蜕变？赛菲尔所说的大灾难又究竟是什么呢……
传说森林住着邪恶的大魔王，为了帮助小精灵脱险，羊村守护者们再度出击勇闯四季城。不料，途中喜羊羊竟意外变成无法自控的“破影大王”，时而清醒，时而捣乱，让整个旅途笑料百出。羊狼们一路闯关进阶“勇者”能力，同时寻找“净化”喜羊羊的方法。而另一面，大魔王对这群“不速之客”自然不会束手就擒。谁又将会成为下一个战胜魔王的勇者传奇呢？
