在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
在高科技的未来世界,人类在来自奥茨玛星球科学家啦啦的帮助下，制造出了代表人类科技最高技术水平的龙骑手镯，手镯能够召唤出性格各异、能力巨大的机械恐龙。但是，一股想称霸地球的邪恶势力暗中精心策划了一起抢夺手镯的阴谋。黑暗势力在抢夺手镯失败之后，召唤出了具有强大破坏力的克隆异形-百兽王来袭击人类。为了对抗黑暗势力研制出来的百兽王，龙骑队员决定回到亿万年前的恐龙时代，找到五只最优秀的恐龙王的蛋，提取基因，完善龙骑手镯，抵抗百兽王。
高中生吕树在一场车祸中改变了自己的人生轨迹，他不但在车祸中毫发无伤，还觉醒了异能！在这个灵气复苏，全民修行的时代，吕树却通过「怼人」「气人」「噎人」来收集负能量，通过将负能量转化为修行资源的方式不断变强，凭借一张嘴，最终成为了地表最强「大魔王」！
兵王王胜穿越千绝地后，来到以“内城不能动手，外城不能杀人”为铁则的无忧城中。通过发展卤肉生意，成功走上逆袭。好景不长，他隐姓埋名，最终还是暴露了身份。而他“元魂晋级”的秘密被五大家觊觎，一场王胜与五大家以无忧城为棋盘的对弈便在此展开……
少年叶天获得了复制他人天赋的能力，从此逆天改命，为了守护妹妹变得更强，他开始了对未知世界的探索，逐渐 揭开异次元入侵的秘密……
