在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
蓝星大陆遭受磁场风暴，导致环境剧变，灵气复苏。在天地灵气的滋养下，人类和动物的各项身体机能被无限激发，历经漫长的岁月洗礼，形成了灵兽和人类常年对峙，争夺生存空间的紧张局面。为了保护家园，人类不断发展科技与新型修炼体系，成立作战联盟，大力培养战斗型人才。少年凌天是初级学府琼海战校年轻一辈中的佼佼者，他拥有罕见的古神血脉，身怀神秘至宝“神脑”。一天，凌天从来自未来的助手炎灵口中，得知了三年后，大陆将面临一场重大劫难，自己也会在这场劫难中壮烈牺牲。自此之后，凌天为了人类的未来，听从炎灵的建议，决心在三年内修炼至巅峰境界，改变一切。
来到玄幻世界，化身终极大反派，恶人谷掌门兼无数恶人的大师兄柳乘风了该怎么办！在线等，挺急的。看着自己的善人系统，身为新世纪好青年的柳乘风坚定地一步步完成系统任务获得奖励，同时用高大上的三观改变自己的师弟师妹们，扭转宗门风评，成为玄辉大陆最正义光明的第一宗！
凹凸世界的创世神是一位肆意随性的神明，他创造了充斥不平等的世界，却也赐予世人改变命运的机会——只需参加“凹凸大赛”，利用系统赋予的“特殊能力”，通过一轮又一轮的残酷考验，争取最终的胜利！如今，停办百年的大赛再度开启。我们的主角——金，为了改变登格鲁星的命运，找回姐姐，决定参赛……
