在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
少年棋手江流儿在动荡的架空大明王朝中，为了国家的稳定、为了百姓免受战争的蹂躏，以围棋棋手的身份参与到大明皇帝和幽王争夺天下的殊死决战之中。整部动画以明朝棋坛和武林为大背景，用夸张的动画元素展现大明棋手和武者们在围棋场上、武林场上坚韧不拔的拼搏精神。
斗魂圣地一战之后，为了拯救枯萎的灵界灵树，六支浇灌灵树灵液化作灵树之种，由紫染苍麟带回灵界的灵树圣地栽种。 谁知两人在圣地却遭到月族长老镜影花的袭击，镜影花欲吸收灵树之种的力量完成自己的野心，在苍麟拼死牵制下，紫染带着灵树之种开始逃亡，在被追杀途中意外碰到了从地界过来灵界的斗魂卫张山峰一行人。 得知镜影花要吸收灵树之种然后反攻地界的野心，斗魂卫一行人决定要保护紫染回灵树圣地种下种子。
为复活爱宠菜包，猪猪侠在天才博士的协助下，研发出可承载宠物意识的仿生机器人，并将这项陪伴技术推向全社会。此举遭到超人强、菲菲、波比和小呆呆的集体反对，但猪猪侠依旧执意行动，更试图回到过去升级初代机器人、弥补技术缺陷。不料时空传送失控，他意外坠入未来，亲眼见证世界被失控的机器宠物统治。这些黑化的机械生命体，皆是曾经被人类虐待、遗弃的陪伴机器人。在未来菜包机器人与伙伴们的牺牲守护下，猪猪侠逃回现在欲阻止一切，却发现大BOSS原型机已失踪。未来的阴影，已潜伏当下。
九界唯一体修至尊，惨遭至交厉云飞背叛，身死道消。 机缘巧合保留神魂不灭，意外降临到青云门将死弟子萧晨身上。 重生一世，萧晨不仅复活，更是天赋觉醒无上神通，更要发誓拿回属于自己的一切，以“诸天尊”的身份走出了自己的神通大道。
