在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
四大宗门之首的玄灵宗，多年来第一次来临水城选拔弟子，方秦两家围绕这一个将决定二者命运的契机，展开明争暗斗。最终，秦南依靠潜心修炼、绝佳天资以及奇遇所得的战神之魂，在使者萧轻雪的公正判罚下，成功扭转颓势战胜方家。进入宗门后，秦南因卷入萧轻雪被逼婚一事，惹来宗主之子欧阳君的仇视。为了不断变强，报答萧轻雪的知遇之恩，秦南屡破强敌，连夺万象大比、外门大比第一、与四大宗门天才共闯武缘阁，并获得搅动大陆的惊天秘密，与冷锋约战生死殿、破北海家围困临水城之难，探索九字真言塔，誓与宗门恶势力战斗到底。
天生具有强大力量的王令，在结识了孙蓉等同学后，逐渐打开心房。从只在乎自己的平静生活，变得想要保护和伙伴们在一起的美好时光逆天的仙王大人，这次又要偷偷地为何而战呢？
“在寒冷的冬日，与「黄金庭院」的大家一起做些可爱的事情，尽情留下特别的纪念，迎接属于我们的、独一无二的新年——嘿嘿，是不是很有仪式感呀？我想和大家一起创造更多这样美好的回忆，因为……我最喜欢大家了嘛♪”
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萧炎（刘三木 配音）曾是家族里公认的斗气天才，年仅11岁便已经抵达了常人穷尽一生都无法修炼到的境界。可12岁那年，一场意外让萧炎的全部努力都化为了乌有，失去一切的他体会到了人情的冷暖和世态的炎凉，之后，萧炎和纳兰嫣然（鬼月 配音）许下了决斗的三年之约，来到魔兽山脉，在身世神秘的药老（黑石稔 配音）手下修炼。 三年间，萧炎的身影穿梭在塔戈尔大沙漠和加玛帝国黑岩城等地，结识了云芝、小医仙（醋醋 配音）等志同道合的好友，并且最终获得了强大的力量。三年一晃眼就过去了，萧炎毫无悬念的战胜了纳兰嫣然，却没想到，他的故事和劫难才刚刚开始。
张凡来到异界，好不容易成为修士，却遭人陷害修为全失，生死存亡之际，系统终于上线，什么神使、仙人、妖皇，在他面皆为土鸡瓦狗，天下无敌的张凡也想一剑出鞘，直破云霄，但无敌剑域居然有范围限制，为了获得扩展领域所需的经验值，张凡只能引诱那些不怀好意的人前来。从此，此方世界多了一个他力压无数天骄、一剑通神的传说……
七侠与小狸为了追踪假冒小凤的小小黑，结果误入密林，掉入不老泉，导致虹猫武功尽失、蓝兔失踪，七侠其他人则都变成了婴儿。好在逗逗变成婴儿前留下线索，杭州三台山的三台阁中的神物“净元珠”乃天下最为纯净之物，能使万物复原，如果服下更能增长百年功力。但净元珠乃寺中万年古木所孕，每隔十年只产一滴，于是三台阁每隔十年将开门收徒一名，技压群雄者方能得到净元珠。而100年前的胜利者便出自海外凤凰岛的凤凰武馆。 为了恢复兄弟们原来的样子，武功尽失的虹猫与小狸带着变成婴儿的兄弟来到杭州三台山附近的凤凰岛，决心从头修炼武艺，以期成为三台阁接下来的徒弟。但是，来到凤凰岛的虹猫，虽然找到了失忆的蓝兔，但却受到各方面的压力以及侮辱，无法成为武馆的正式弟子甚至在武馆中沦为杂役。 馆主夫人水灵灵发现虹猫的资质不错，于是设法将其收为正式弟子，而小狸在研究并学会了将武术与魔术结合。与此同...
