在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
地狱谷不知为何被水填满，水压过大挤破了岩层，让生活在地下世界的鬼族损失惨重。王子阿洛伊斯潜入地狱湖底探查，发现灾难的源头竟来自半个魔女脑袋的眼泪。为了将乱丢脑袋的魔女绳之以法，阿洛伊斯向地面出发了……
兵王王胜穿越千绝地后，来到以“内城不能动手，外城不能杀人”为铁则的无忧城中。通过发展卤肉生意，成功走上逆袭。好景不长，他隐姓埋名，最终还是暴露了身份。而他“元魂晋级”的秘密被五大家觊觎，一场王胜与五大家以无忧城为棋盘的对弈便在此展开……
乱世之下，妖祟横生，奸佞当道。又值幽界入侵，人、幽两界势力荼毒人间，捕蛇者许应因看不惯为幽界卖命的草头神欺压百姓，反抗犯下弑神之罪，又出手打死了不作为的朝廷官员，遭两界势力追杀，开启了逃亡的生涯。
鬼厉战妖王，道玄诛仙破兽神。
