在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
千百年前，神州大地遍布着天地灵气，而能够驱使灵气为己所用的便是驱魔师，他们的使命便是制止千年一现世的天魔为祸人间。然而汉代却发生了天地灵气一夜之间消失殆尽的惨剧，史称“万法归寂”，失去了力量的驱魔师们也逐渐退出了人们的视野。秦晋割据时期战火不断，枉死者的怨气成为了天魔复生的原料；为阻止它的阴谋，世间最后一位大驱魔师陈星带着寄宿在他三魂七魄中的宝物“心灯”踏上旅程，前往襄阳城寻找命中注定将与他共同携手驱魔的护法武神——项述。
三尊苏醒，孙悟空助天神度过危机。西行小队离散后，沙悟净下阴界救师父;八戒在黑水镇因过失而害死人;白狼小羽在恐怖森林收服一虎，又在古城被石兵围困，三藏等人归来解围，却又遇上暗影天王，悟空归队助战。三藏化解亡魂怨恨，西队亦告别故人，继续上路。
古代搞笑版复仇者联盟，大凉都城风水奇异，每年都会有几个千年后的现代人穿越来，于是便爆发了穿越者与原住民的爱恨情仇。
为寻玉剑的下落，引发仙魔龙族三方大战。秦羽在澜叔的帮助下，拥有第八把玉剑，成为海底第四大势力的领袖。秦羽决心面对新的挑战——集齐玉剑，开启仙府。最终仙府缓缓打开，踏入这宝地之时，真正的生死考验才刚刚开始。
宇宙浩瀚，产生无数的类型的生命体，这些生命体，形成万族万灵。万族万灵尽管种族不同，信仰不同，但一样的就是奢望得道。 任何一个生灵都是道心蒙尘，他们不甘如此，以修行来悟道而变得强大，甚至永生。天地大道如同气运，有能者居之。大道之路，就是争道之路，这就造成了万族万灵的相争。 一个时代，只能支撑少数一些人得道。得道者，以为站在了世间之巅，以后可以恣意逍遥。但却发现，即使得道。同样难逃厄运，在他们之上有着主宰，收割着一个又一个的时代，收割者天下修行者为了维持他们野心。万族万灵，不过是被这些主宰豢养而已。 这些主宰，收割着得道者，收割着每个世界的灵华，摧毁一个个世界。 历代得道者，都不甘被收割，不断的反抗，可是每一次都失败。 直到……主角叶宇出现，他剥开了一个个时代，剥开了一个个秘密。随着他展开了史诗级的画卷，在这壮阔的世界中，不断的成长，经历爱情和友情，洗净蒙尘的道心，最后和收割万族万灵的主宰对决。
