在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
斗魂圣地一战之后，为了拯救枯萎的灵界灵树，六支浇灌灵树灵液化作灵树之种，由紫染苍麟带回灵界的灵树圣地栽种。 谁知两人在圣地却遭到月族长老镜影花的袭击，镜影花欲吸收灵树之种的力量完成自己的野心，在苍麟拼死牵制下，紫染带着灵树之种开始逃亡，在被追杀途中意外碰到了从地界过来灵界的斗魂卫张山峰一行人。 得知镜影花要吸收灵树之种然后反攻地界的野心，斗魂卫一行人决定要保护紫染回灵树圣地种下种子。
天赋异禀的灵宠师樊凌霄，于甲级门派晋升赛上遭人暗算，被自己的灵鲲所吞噬。睁眼醒来却发现自己已化身为一名叫“流锋芒”的少年，身处白府大牢之中，其门派凌霄阁也走到了绝境。为查明灵鲲反噬真相与重振门派，樊凌霄带着现有的几只灵宠，与谷灵、程曦、月彤，一起踏上了全新的冒险之旅。
本片讲述了心地善良的皇女艾丽婕为了救伙伴从天界跌落到了海底世界阿拉德大陆，由此经历了一系列令她快速成长的冒险事件，并收获了亲情与友谊。最终她克服重重困难，战胜了怯懦，勇敢背负起最高祭司的责任，成长为人人爱戴的天界女皇。
幼年汤直与龙女的一次偶遇，意外开启了他的“天眼”——从此，他能看见往来人间的神仙与精怪。这双独一无二的眼睛，将他引入了一个与凡俗并行的世界。在那些难忘的经历中，汤直结识了形形色色的朋友，也在一次次看似寻常却暗藏奇妙的日常里，体会到欢笑与温情。
兵王王胜穿越千绝地后，来到以“内城不能动手，外城不能杀人”为铁则的无忧城中。通过发展卤肉生意，成功走上逆袭。好景不长，他隐姓埋名，最终还是暴露了身份。而他“元魂晋级”的秘密被五大家觊觎，一场王胜与五大家以无忧城为棋盘的对弈便在此展开……
一代剑圣凌天，为救挚爱之人逆天夺碑，却遭天道算计。陨落之际，他与天道同归于尽，竟意外重生，回到三百年前丹田尽毁、剑骨被夺的濒死时刻。红颜未逝，宿敌犹在，漫漫成圣路，重走又何妨？这一世，他誓要改写天命，弥补遗憾！
