在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
秦牧天生凡体，历经考验成为天魔教教主，被延康国封为第一任太学博士。延康国叛乱之战中秦牧引来魔神，掀起浩荡风云，后随武可汗入楼兰黄金宫，一个人打遍圣宫无敌手。他返回延康,助国师平叛、造射日神炮，后得人皇传承成为新一代人皇。机缘巧合下秦牧得知自己的身世,借助道门小玉京等人帮助，开启道法神通改革的大世。
魔种白擎天之子，在圣玄宗弟子入门考核时觉醒无限顿悟系统，靠着故意引人嫉妒获得的顿悟机会，展现出逆天的天赋，但因为叛徒之子的身份，最后被上代圣子收为弟子。为获得顿悟机会，白墨总是故意和嫉恨自己的人行走一起，不停表现天赋引人嫉妒，修成各种强大的术法，获得前往麒麟秘境的资格。
大林郡世家出身的林凡本是得到天骄令的绝世天才，却被未婚妻夺走武魂，沦为废物。当来历莫测的大魔寄生林凡身上，重新激活了他被废的武魂，使他成为稀有的双武魂体质，至此，林凡正式踏上崛起之路，从小小郡城，闯上诸天万界。
沧元界妖邪作乱，人族饱受摧残，主角孟川自小立下为母复仇的誓言，以镜湖道院为起点，凭借坚毅无畏的心志与利落果决的刀法身手，惩处奸恶，溃灭妖族，登顶四大道院，名满东宁府，拜上元初山，成就一代神魔。
